Αρχή της δημιουργίας του αποτέλεσε το ενδιαφέρον και η αγάπη του Διευθυντή του Εργαστηρίου Καθηγητή Κωνσταντίνου Νάτση, για τα ανεκτίμητης αξίας επιστημονικού και πολιτιστικού ενδιαφέροντος, προσωπικά αντικείμενα των διατελεσάντων καθηγητών και του προσωπικού όπως ιατρικά εργαλεία, ανατομικοί χάρτες, ιστορικές φωτογραφίες, όργανα έρευνας και εκπαίδευσης, σπάνιες συλλογές οστών, που χρησιμοποίησαν στην έρευνα και στην εκπαίδευση οι πρώτοι καθηγητές από της ιδρύσεως της Ιατρικής Σχολής και του Ανατομείου, τα οποία φυλάσσονταν σε αποθηκευτικό χώρο του Ανατομείου. Έκτοτε, οι συλλογές του μουσείου εμπλουτίσθηκαν και από άλλα δείγματα και αντικείμενα που συνέλεξε και συντήρησε το προσωπικό του Εργαστηρίου.